Nel 1571, la flotta dell' Ordine dei Cavalieri di Malta, considerata una delle più potenti del Mediterraneo, contribuisce alla sconfitta navale degli Ottomani nella battaglia di Lepanto.
Nel 1798, l' isola di Malta è occupata da Napoleone Bonaparte per la posizione strategica dell' isola; i Cavalieri di Malta abbandonano l' isola, anche per la Regola che impediva loro di fare la guerra ad altri cristiani.
Nel 1834 l' Ordine si trasferisce definitivamente a Roma dove possiede, garantiti da extraterritorialità, il Palazzo Magistrale, in Via Condotti 68, e la Villa Magistrale sull' Aventino.
Diversi sono stati i nomi dell' Ordine di Malta nel corso dei novecento anni della sua storia; il nome ufficiale e legale dell' Ordine di Malta è oggi Sovrano Militare Ordine Ospedaliero di San Giovanni di Gerusalemme di Rodi e di Malta